氧等离子体处理后的PDMS，其表面引入了亲水性质的-OH基团，并代替了-CH基团，从而使PDMS表面表现出极强的亲水性质。同样，由于硅基底通过处理，表面含有大量Si-O键,在氧等离子体处理的过程中，Si-O键被打断，从而在表面形成大量的si悬挂键，通过吸收空气中-OH,形成了Si-OH键。将处理后的PDMS与硅表面相贴合,两表面的Si-OH之间发生如下反应:2Si-OH⑧Si-O-Si+2H2O。在硅基底与PDMS之间形成了牢固的Si-O键结合，从而完成了二者间不可逆键合。
PDMS以其的优势在微流控芯片中得到应用:材料廉价、易得;材料可加工性、成型性好，可以通过快速模塑法制作不同通道形状的微流控芯片;可以透过240nm以上波段的紫外、可见光，适合各种光学检测;不透水，不溶于水和常见电泳缓冲液;可以透过空气，对细胞无毒，适合生物样品检测;表面能低，容易和其他材料进行可逆或者不可逆键合;有良好的绝缘性，良好的散热性能，适于电泳分离;材料表面易于进行改性，适合不同要求的生物样品分析检测;容易质谱等其他分析检测技术联用。
PDMS材料在性能上也有- -些缺陷:表面疏水，缓冲液很难注入，表面吸附作用强，需进行表面改性和修饰才能进行应用;导热性差，导热系数比玻璃低8-10倍，不利于焦耳热的散失，限制了单位长度上的场强;PDMS材料的弹塑性定了它的微结构不像其他刚性材料的结构那样的稳定。由于PDMS材料具有高度疏水性，对生物分子特别是大分子蛋白具有强烈的非特异性吸附。在样品分离时，由于吸附作用容易产生严重的拖尾、蛋白质分离失败、失活的现象，严重限制了PDMS在微流控芯片领域的应用。
