一是降低水处理要求，如果水中的隐孢子虫较多，则需要多处理，以达到降低的目的；二是保护公众，因为隐孢子虫可以威胁你的生命。另外，从公众的压力来看，所有消费者都希望饮水安全。在疾病爆发后，成本极高，如影响游客，关闭公共服务，要求煮饮，对供水公司和基础研究的目的有潜在的法律影响。
为确保饮用水安全，实施高质量供水，国家建设部在2005年6月1日正式实施的《城市供水水质标准》（CJ/T206-2005）中，增加了一鞭毛虫和隐孢子虫的微生物指标。
利用去除有机杂质,利用消除絮凝剂的影响
由于再生水的水质具有有机物、微生物等含量高的特点,在样品预处理中需要去除各种干扰显微镜检查的杂质。另一方面,再生水目前采用不同的处理工艺,其中常规的混凝处理造成水中残留的混凝剂会影响两虫的分离。利用去除有机杂质,利用消除絮凝剂的影响,建立了应用于再生水的“两虫”检测方法。再生水进出水隐孢子虫卵囊和贾第鞭毛虫包囊的回收率分别为18%-31%和24%-95%,我国规定饮用水中两虫检测的初始回收率要求控制在10%-(GB/T 5750.12-2006)。
贾第鞭毛虫通常会导致慢性虚弱的腹泻，体重减轻和吸收不良。饮用被污染的水可能会导致贾第鞭毛虫病。传播也通过直接接触而发生，尤其是与无症状的携带者接触以及食物污染。
隐孢子虫在世界. 上大多数地区,它与腹泻病有关，是旅行者腹泻的常见原因。该疾病是由厚壁卵囊传播的，该卵囊对普通消毒剂和饮用水的常规氯化反应具有显着抵抗力。
隐孢子虫的卵囊呈圆形，直径约4~6微米，成熟卵囊内含4个呈月牙形的子孢子和呈颗粒物状的残留体。
隐孢子虫的生活周期包括无性生殖、有性生殖和孢子生殖三个阶段，可在同一宿主体内完成。随宿主粪便排出的卵囊(oocyts)新宿主吞食了存在于水中的卵囊就会隐孢子虫病。隐孢子虫整个生活周期约需5~11天。
贾第鞭毛虫的生活史
孢囊呈椭圆形，长约8~18微米，宽约5~15微米，未成熟的孢囊有2个核，成熟的孢囊具4个核。
其生活史由孢囊和滋养体两个不同的发育阶段组成。