荧光显微镜应用于水质“两虫”检测人们常说水是生命的源泉，可见饮用水质量的优劣直接关乎人类健康。常规的饮用水监测范畴包含色度、余氯、杂质、细菌数等物理、化学以及细菌指标的检测，除此之外，贾第鞭毛虫（Giardia）和隐孢子虫（Cryptosporidium）（简称“两虫”）是主要的导致人体腹泻的两种水源性原生动物，是影响水质不容忽视的重要因素，近年来水质监测领域对两虫的检测越来越重视。“两虫”主要通过被污染的饮用水或食物人类，其卵囊或孢囊个体微小、致病剂量低、抵抗环境压力强、方式简单、发流行且呈性分布，严重危害水质。人类对“两虫”疾病普遍易感，者多表现为急、、低热甚至等临床症状，绝大多数对其ZL无效，抵抗主要依赖于人体自身的。
两虫检测的现状是怎么样的？
一是降低水处理要求，如果水中的隐孢子虫较多，则需要多处理，以达到降低的目的；二是保护公众，因为隐孢子虫可以威胁你的生命。另外，从公众的压力来看，所有消费者都希望饮水安全。后，在疾病爆发后，成本极高，如影响游客，关闭公共服务，要求煮饮，一旦，对供水公司和基础研究的目的有潜在的法律影响。
为确保饮用水安全，实施高质量供水，国家建设部在2005年6月1日正式实施的《城市供水水质标准》（CJ/T206-2005）中，增加了一鞭毛虫和隐孢子虫的微生物指标。要求：加1/10升水。在2006年12月29日发布的《生活饮用水卫生标准》（GB5749-2006）中，国家增加了一鞭毛虫和隐孢子虫的微生物指标。要求：加1/10升水。在实验方法的洗涤/浓缩部分，首先推荐了Envirochek方法（Pall公司），还有其他供选方法。为了完成的检测要求，开展有效的两虫检测工作，建立两虫检测实验室势在必行。我国一些供水企业和研究部门已经开始了这项工作。
隐孢子虫和贾第鞭毛虫的纯化—磁分离技术:1999年美国在EPA1623方法中规定利用IMS{Immuo Magnetic Separation}磁分离技术Dynabeads来分选检测饮用水中隐孢子虫卵囊和贾第鞭毛虫孢囊，其原理是：利用带有特异性的磁珠与样品中的目标产物G/C特异性抗原相结合，在磁场中搞笑选择中分离。
3、IFA染色&镜检
待井形载玻片的纯化液干后，用NaOH中和井形载玻片上样品，再用Dynal公司的Aqua-GloTMG/C染色试剂盒，将卵囊和孢囊在井形载玻片上用磁荧光标记的单性和DAPI溶液着色后，盖上盖玻片。然后，OLYMPUS荧光和差分干涉相衬（DIC）显微镜对着色样本进行检测。观察样本，对符合卵囊和孢囊大小、外形、荧光特性的对象进行定性、定量分析。
水中检测“两虫”的意义
对贾第鞭毛虫和隐孢子虫项目检测方法采用国家《生活饮用水标准检验方法》（GB/T 5750.12-2006）中规定的“磁分离荧光法”，系列“两虫”检测设备都是进口。由于国内对“两虫”检测研究起步较晚，“两虫”标样、磁分离、荧光试剂等都需进口，大大小小配套仪器有十几台，都需手工操作，操作过程极其繁锁、且要十分细心。检测“两虫”主要有以下步骤：过滤采样——淘洗浓缩——IMS磁分离——IFA染色——显微镜检，才能到“两虫”的孢囊和卵囊。因水样中的卵囊数量较少，因此需要浓缩较大体积的水样，原水需要20L，处理后的出厂水（管网水）需要100L。在这么多的水量中 “两虫”的孢囊和卵囊，操作难度大大增加。